Die Bundesstiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur ist eine bundesunmittelbare Stiftung öffentlichen Rechts. Das Gesetz über die Errichtung einer Stiftung zur Aufarbeitung der SED-Diktatur wurde am 12. Juni 1998 verkündet und trat am 13. Juni 1998 in Kraft. Der Deutsche Bundestag folgte damit den Empfehlungen zweier vom ihm 1992 und 1995 eingesetzten Enquete-Kommissionen, die sich der Aufarbeitung von Geschichte und Folgen der SED-Diktatur in Deutschland widmeten, und die der Errichtung einer Bundesstiftung den Weg ebnete.

An der Spitze der Stiftung steht der auf fünf Jahre gewählte Stiftungsrat, dem Vertreter des Bundestages, der Bundesregierung, des Landes Berlin sowie in Fragen der Aufarbeitung besonders engagierte Personen angehören. Vorsitzender dieses Gremiums ist Markus Meckel, MdB. Der Stiftungsrat beschließt über alle Fragen von grundsätzlicher Bedeutung, die zum Aufgabenbereich der Stiftung gehören, und kontrolliert die Tätigkeit des Vorstandes. Der ehrenamtlich tätige Vorstand führt die Geschäfte der Stiftung; Vorsitzender ist Rainer Eppelmann. Drei Fachbeiräte unterstützen Vorstand und Rat in ihrer Arbeit.

Am 02. November 1998 nahm die Geschäftsstelle ihre Tätigkeit auf. Die Stiftung steht für eine lebendige und pluralistische Auseinandersetzung mit der kommunistischen Diktatur und ihren Folgewirkungen für das vereinigte Deutschland. Sie versteht sich als Ansprechpartnerin und Mittlerin zwischen gesellschaftlicher Aufarbeitung, Wissenschaft, Politik, Medien und Öffentlichkeit. In der Stiftung bestehen ein Archiv und eine wissenschaftliche Spezialbibliothek, in denen u. a. Zeugnisse von Widerstand und Repression gesammelt und als historisches Quellenmaterial zugänglich gemacht werden. In regelmäßigen zeitlichen Abständen informiert die Stiftung in Tätigkeitsberichten über ihre Arbeit (siehe rechte Spalte).